Luotsityttöjen hallinnollisesta toiminnasta vastaa lippukunnan hallitus, joka kokoontuu noin kerran kuukaudessa käsittelemään lippukunnan hallintoon liittyviä asioita, kuten käsittelemään lippukunnan toiminnan tilaa, tapahtumia ja talousasioita sekä muita lippukunnan sääntöjen ja yhdistyslainsäädännön vaatimia asioita.
Hallitusta johtaa lippukunnanjohtaja.
Luotsityttöjen hallitus 2021
Noora Qvick – lippukunnanjohtaja, hallituksen puheenjohtaja
Emma Laihanen – ohjelmajohtaja
Anu Juvonen – pestijohtaja, lippukunnanjohtajan apulainen, hallituksen varapuheenjohtaja